The Fungal Kingdom (2017) [Το βασίλειο των μυκήτων]

Edited by

Joseph Heitman

Department of Molecular Genetics and Microbiology, Duke University Medical Center,

Durham, North Carolina

Barbara J. Howlett

School of Biosciences, The University of Melbourne,

Victoria, NSW, Australia

Pedro W. Crous

CBS-KNAW Fungal Diversity Centre, Royal Dutch Academy of Arts and Sciences,

Utrecht, The Netherlands

Eva H. Stukenbrock

Environmental Genomics, Christian-Albrechts University of Kiel,

Kiel, Germany,

and Max Planck Institute for Evolutionary Biology,

Plön, Germany

Timothy Y. James

Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan,

Ann Arbor, Michigan

Neil A. R. Gow

School of Medical Sciences, University of Aberdeen,

Fosterhill, Aberdeen, United Kingdom

Πρόλογος

Οι μελέτες που επιχειρούν να εκτιμήσουν τη βιοποικιλότητα των μυκήτων χρησιμεύουν κυρίως για να υπογραμμίσουν τους περιορισμούς της τρέχουσας συνειδητοποίησης μας για τον πιθανό συνολικό αριθμό ειδών, που σήμερα υπολογίζεται ότι είναι περίπου 5 εκατομμύρια. Ως περιβαλλοντικοί οργανισμοί, οι μύκητες επηρεάζουν την παγκόσμια οικολογία και την ανακύκλωση των θρεπτικών ουσιών στη βιόσφαιρα και επίσης, τόσο θετικά όσο και αρνητικά, τη βιωσιμότητα πολλών φυτών και ζώων. Ως απλοί ευκαρυώτες που μπορούν εύκολα να μελετηθούν και να τους χειριστούμε πειραματικά, οι μύκητες χρησιμεύουν ως σημαντικά μοντέλα που έχουν επηρεάσει βαθιά την κατανόηση μας για τη ζωή, επιτρέποντας τον εντοπισμό και την ανάλυση διατηρημένων μηχανισμών που υποστηρίζουν την ανάπτυξη, τη διαίρεση των κυττάρων και τον θάνατο όλων των ευκαρυωτικών κυττάρων.

Η έρευνα για τους μύκητες είναι μια ζωντανή και συναρπαστική περιοχή, αλλά συχνά είναι διασκορπισμένη σε διαφορετικές επιστημονικές κοινότητες με διαφορετικούς πολιτισμούς και παραδόσεις. Ο στόχος της συγκέντρωσης αυτού του ευρέος ερευνητικού χαρτοφυλακίου σε ένα βιβλίο και μια συλλογή σύγχρονων κριτικών είναι επομένως ένας χρήσιμος, σημαντικός, αλλά απαιτητικός στόχος. Αυτός ο τόμος που χρηματοδοτείται από το ASM είναι ασυνήθιστος για τη συνένωση μιας κοινότητας μυκητολόγων και βιολόγων κυττάρων με τον κοινό στόχο να απεικονίσει την κατάσταση της κατανόησης μας τόσο των μοντέλων μυκήτων όσο και των οργανισμών με συγκεκριμένη περιβαλλοντική, παθογόνο ή βιολογική συνάφεια. Το βιβλίο περιλαμβάνει κεφάλαια όπου η εστίαση είναι στο μοριακό, κυτταρικό ή οργανικό επίπεδο της χωρικής οργάνωσης και περιλαμβάνει μύκητες από όλες τις κύριες φυλογενετικές ομάδες. Το αποτέλεσμα είναι μια ανθολογία άρθρων που καθορίζει την τρέχουσα τροχιά της τρέχουσας έρευνας και ερωτημάτων για την επόμενη γενιά ερευνητών. Οι συγγραφείς είναι κορυφαίοι στους αντίστοιχους τομείς τους και το εκδοτικό ύφος είναι τέτοιο που το έργο έχει επιτύχει μια επισκόπηση του πεδίου στο σύνολο του σε μια μορφή που είναι χρήσιμη τόσο για τον ειδικό όσο και για όσους αναζητούν κατανόηση σε τομείς στους οποίους μπορεί να άγνωστος.

Μερικά από τα πιο σημαντικά ερωτήματα στη βιολογία έχουν διερευνηθεί χρησιμοποιώντας μύκητες, ζυμομύκητες και καλούπια και είναι πιθανό αυτό το παράδειγμα να συνεχιστεί και στο μέλλον. Αυτό το βιβλίο θα πρέπει να χρησιμεύσει για την τόνωση μιας νέας γενιάς επιστημόνων με την μυκητολογία για να διερευνήσουν την εξαιρετική ποικιλομορφία και την πειραματική προσβασιμότητα των μελών της μυκητοβιώματος.

Sir Paul Nurse

The Francis Crick Institute,

London, United Kingdom

Πρόλογος

Η γοητεία μας με το Βασίλειο των Μυκήτων είναι φυσική και αρχαία και βασίζεται (i) στους ρόλους των μυκήτων στην παραγωγή ποικιλίας τροφίμων και ποτών, ακόμη και ως πηγή τροφής οι ίδιοι, (ii) τον παγκόσμιο οικολογικό αντίκτυπο τους, ιδίως ως αιτία καταστροφικών μολύνσεων ανθρώπων και άλλων ζώων και φυτών, συμπεριλαμβανομένων πολλών καλλιεργειών που καλλιεργούνται σε όλο τον κόσμο και (iii) τους ρόλους τους ως θεμελιωδών προτύπων συστημάτων στη γενετική και τη βιολογική έρευνα.

Η πρώτη γοητεία με τους μύκητες πιθανότατα ξεκίνησε με τους ανθρώπους σε όλο τον κόσμο να αναζητούν τροφές για πηγές τροφής, συχνά στο πλαίσιο των δασών και τον εξέχοντα ρόλο των καρποφόρων σωμάτων μανιταριών που σχετίζονται με τα δέντρα, είτε ως μυκόρριζα είδη στις ρίζες των ζωντανών δέντρων είτε ως είδη που υποβαθμίζουν το ξύλο μύκητες σε νεκρά φυτικά υλικά. Αυτά τα είδη μανιταριών περιλαμβάνουν δημοφιλή και νόστιμα βρώσιμα όπως τα Porcini, Chanterelles και Truffles, όπως επίσης και τα Shiitake, Oyster, Portobello και άλλα. Συνολικά, η παγκόσμια εμπορική αγορά μανιταριών ήταν ~ 35 δισεκατομμύρια δολάρια ΗΠΑ το 2015 και αναμένεται να αυξηθεί στα ~ 60 δισεκατομμύρια δολάρια έως το 2021. Τα είδη που αναφέρονται είναι εκπρόσωποι μόνο ενός φύλου (του Basidio-mycota) στην ευρύτερη περιοχή Fungal Kingdom, το οποίο τώρα υπολογίζεται ότι περιλαμβάνει 2,2 έως 3,8 εκατομμύρια ή περισσότερα διαφορετικά είδη και τουλάχιστον επτά φυλές (Ascomycota, Basidiomycota, Mucoromycota, Zoopagomycota, Blastocladiomycota, Chytridiomycota και Cryptomycota / Rozellomycota).

Το ενδιαφέρον για τους μύκητες προέρχεται επίσης από τους βασικούς ρόλους τους στην παραγωγή άλλων τροφίμων και ποτών, συμπεριλαμβανομένου του εξέχοντος ρόλου της ζύμης Saccharomyces cerevisiae (Ascomycota) στην παραγωγή μπύρας, κρασιού, σαμπάνιας και ψωμιού. Ωστόσο, άλλοι μύκητες όπως το Penicillium chrysogenum παράγουν φυσικά προϊόντα όπως το αντιβιοτικό πενικιλλίνη, το οποίο έφερε επανάσταση στην ιατρική και την υγειονομική περίθαλψη και συνέβαλε στη δραματική παράταση της ανθρώπινης ζωής επιτρέποντας την αποτελεσματική θεραπεία μολυσματικών ασθενειών. Τέλος, οι παθογόνοι μύκητες προκαλούν (i) καταστροφικές, απειλητικές για τη ζωή συστηματικές λοιμώξεις των ανθρώπων, καθώς και άλλες ασθένειες όπως αλλεργίες, τύφλωση, κολπίτιδα και κοινές λοιμώξεις του δέρματος, συμπεριλαμβανομένης της πιτυρίδας και του ποδιού του αθλητή. (ii) εκτεταμένες μολύνσεις ζώων, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που καταστρέφουν πληθυσμούς νυχτερίδων στη Βόρεια Αμερική και προκαλούν εξαφανίσεις σε είδη βατράχων σε όλο τον κόσμο και (iii) η πλειονότητα των μολύνσεων που εμφανίζονται σε φυτά, συμπεριλαμβανομένων πολλών ειδών καλλιεργειών, που οδηγούν σε λιμούς και διαταραχές του εφοδιασμού τροφίμων με δισεκατομμύρια δολάρια που χάνονται στη γεωργία ετησίως. Όποια και αν είναι η πλεονεκτική σου θέση, ο αντίκτυπος των μυκήτων στη βιολογία του πλανήτη μας, στην ανάπτυξη του ανθρώπινου πολιτισμού και στην καθημερινή ζωή και την υγεία μας είναι μεγάλος.

Πριν από μερικές δεκαετίες η θέση του Βασίλειο των Μυκήτων μέσα στο ευρύτερο ευκαρυωτικό δέντρο της ζωής ήταν ασαφής και σε πολλές περιπτώσεις θεωρήθηκε και μάλιστα διδάχθηκε ότι οι μύκητες σχετίζονταν πιο στενά με τα φυτά παρά με τα ζώα. Τα απροκάλυπτα μορφολογικά χαρακτηριστικά των μανιταριών πιθανότατα συνέβαλαν σε αυτήν την άποψη, μαζί με την αβεβαιότητα σχετικά με το πού να τοποθετηθούν τα μονοκύτταρα μικρόβια στο πλαίσιο σύνθετων πολυκύτταρων οργανισμών όπως τα ζώα. Αλλά με την έλευση των μοριακών φυλογενετικών μελετών, η τοποθέτηση των μυκήτων μέσα στο ευκαρυωτικό δέντρο της ζωής ήρθε σε πιο έντονη εστίαση και τώρα εκτιμούμε ότι οι μύκητες σχετίζονται πολύ πιο στενά με τα ζώα παρά με τα φυτά. Αυτή η εξελικτική συγγένεια είναι στην πραγματικότητα τόσο βέβαιη που το Ζωικό Βασίλειο και το Βασίλειο των Μυκήτων εκτιμώνται πλέον ως αδελφές ομάδες στην ευρύτερη υπερομάδα των ευκαρυωτών Opisthokonta. Αυτή η αναθεωρημένη φυλογενετική τοποθέτηση αποκαλύπτει πολλά για τη διατήρηση των μοριακών μηχανισμών της ζωής και συμβάλλει στο να γίνουν οι μύκητες εξαιρετικά μοντέλα για την κατανόηση της μορφής και της λειτουργίας άλλων ευκαρυωτών, συμπεριλαμβανομένου του Ζωικού Βασιλείου.

Σε συνδυασμό με αυτές τις προόδους στη μοριακή φυλογενετική και την ταξινομία, δύο άλλα πεδία έφεραν επανάσταση στην κατανόηση μας για το Βασίλειο των Μυκήτων. Πρώτον, η πρόοδος στη γενετική των μυκήτων έχει συμβάλει στο να φωτιστούν οι μοναδικές και διατηρημένες βιολογικές τους ιδιότητες. Μελέτες για μύκητες έχουν συμβάλει σε βαθιές γνώσεις ως μοντέλα για όλη τη βιολογία, όπως η ανακάλυψη των οδών παρεμβολής RNA (RNAi) και ο τρόπος με τον οποίο λειτουργούν για τη σίγαση των διαγονιδίων και την προστασία της ακεραιότητας του γονιδιώματος, τους λεπτομερείς μηχανισμούς και τη λειτουργία ενός βιολογικού ρολογιού και τη βασική ιδέα ότι αυτό περιλαμβάνει έναν μοριακό ταλαντωτή, η πρώτη πειραματική επίδειξη αλληλουχιών DNA που μπορούν να λειτουργήσουν ως τελομερή, κεντρομερή και ευκαρυωτικές αρχές αντιγραφής, η ανακάλυψη των πρώτων συστατικών του πυρηνικού πόρου, την περιγραφή της εκκριτικής οδού και την ανακάλυψη της αυτοφαγίας. την αποσαφήνιση του τρόπου με τον οποίο ενορχηστρώνεται ο κυτταρικός κύκλος, την κατανόηση της επίδρασης τόσο της πλοειδίας όσο και της ανευπλοειδίας στις κυτταρικές λειτουργίες, πληροφορίες για το πώς εξελίσσονται τα είδη και λειτουργούν τα όρια των ειδών και η ανακάλυψη ότι το σύστημα επιδιόρθωσης ασυμφωνιών απαιτείται για τη σταθερότητα των DNA επαναλήψεων, οδηγώντας σε ιδέες για το πώς παρόμοιες μεταλλάξεις οδηγούν σε καρκίνο του παχέος εντέρου στους ανθρώπους. Συνολικά, γενετικές, γονιδιωματικές και κυτταρικές βιολογικές μελέτες έχουν φέρει στο επίκεντρο τους εκπροσώπους ολόκληρου του Βασίλειο των Μυκήτων της ζωής και έτσι συνέβαλαν ανεκτίμητη στην κατανόηση μας για το πώς εξελίχθηκαν και λειτουργούν οι ευκαρυωτικοί οργανισμοί. Πράγματι, επτά βραβεία Νόμπελ έχουν απονεμηθεί σε επιστήμονες που μελετούν τις ζυμομύκητες και τις μούχλες ως πρότυπους οργανισμούς που εξηγούν θεμελιώδεις πτυχές της κυτταρικής βιολογίας. Αυτά απονεμήθηκαν στους Alexander Fleming, Ernst Chain και Howard Florey το 1945 για την ανακάλυψη της πενικιλίνης από το Penicillium notatum. Στους George Beadle και Edward Tatum το 1958 για την υπόθεση One Gene = One Enzyme στο Neurospora crassa. στους Paul Nurse και Leland Hartwell το 2001 για κυτταρική διαίρεση και καρκίνο σε Schizosaccharomyces pombe και Saccharomyces cerevisiae, στον Roger Kornberg το 2006 για μεταγραφή ευκαρυωτικού γονιδίου στο S. cerevisiae. στον Jack W. Szostak (κοινό) το 2009 για τελομερή χρωμοσωμάτων στο S. cerevisiae, στον Randy Schekman το 2013 (κοινό) για μηχανήματα που ρυθμίζουν την κυκλοφορία κυστιδίων στο S. cerevisiae και στον Yoshinori Ohsumi το 2016 για αυτοφαγία στο S. cerevisiae.

Σε συνδυασμό με τις προόδους στη γενετική, οι επακόλουθες πρόοδοι στις επιστήμες του γονιδιώματος παρείχαν τις πλήρεις αλληλουχίες γονιδιώματος για έναν αυξανόμενο αριθμό ειδών μυκήτων, τώρα >1.000, και σε ορισμένα είδη έναν εκπληκτικό αριθμό μεμονωμένων αντιπροσωπευτικών γονιδιωμάτων (500 ή περισσότερα). Στην πραγματικότητα, ένα είδος μύκητα ήταν ο πρώτος ευκαρυωτικός οργανισμός στον οποίο το γονιδίωμά του προσδιορίστηκε πλήρως η αλληλουχία (το μοντέλο εκκολαπτόμενου ζυμομύκητα S. cerevisiae). Δεύτερον, οι πρόοδοι στη γενετική και την κυτταρική βιολογία έχουν συμβάλει σε μια λεπτομερή άποψη για το πώς το γονιδίωμα συμβάλλει στις λειτουργίες του κυττάρου και του οργανισμού. Μαζί, αυτές οι εξελίξεις στη γονιδιωματική και τη γενετική παρέχουν ένα “βασικό σχεδιασμό” για το πώς αυτά τα είδη λειτουργούν και έχουν εξελιχθεί σε κυτταρικό επίπεδο και κατά συνέπεια προσφέρουν πληθώρα γνώσεων σχετικά με το πώς λειτουργούν τα αντιπροσωπευτικά είδη στο μυκητιακό βασίλειο και την ποικιλομορφία που βρίσκεται μέσα τους. Αυτή η ποικιλομορφία εκτείνεται από τον πιο βασικό τρόπο οργάνωσης ενός κυττάρου μύκητα, είτε ως ζυμομύκητα είτε ως filamentous hypha, έως τους μυριάδες τρόπους αλληλεπίδρασης αυτών των ειδών με το περιβάλλον τους, από τους υδρόβιους βασικούς μύκητες (Chytridiomycota, Cryptomycota), έως μύκητες που σχετίζονται με τα φυτά και ήταν κρίσιμοι για την ανάδυση τους από τους ωκεανούς και τον αποικισμό του πλανήτη, σε μύκητες που είναι παθογόνα φυτών ή ζώων. Αυτή η ποικιλομορφία επεκτείνεται επίσης στη βιολογική συμπεριφορά και την κυτταρική βιολογία των μυκήτων, συμπεριλαμβανομένων για παράδειγμα μυκήτων που μπορούν να αισθανθούν το φως και εκείνων που έχουν εξελιχθεί ως μη ευαίσθητοι στο φως (τυφλοί), στους τρόπους σεξουαλικής αναπαραγωγής συμπεριλαμβανομένου του ετεροθαλλισμού και του ομοθαλισμού, της απώλειας και της κατακράτησης των μονοπατιών RNAi, την αντικατάσταση των περιφερειακών κεντρομερών από τα σημειακά κεντρομερή και τη διατήρηση των μαστιγίων στους βασικούς μύκητες έναντι της απώλειας τους σε κλάδους μυκήτων που εξέλιξαν την ικανότητα να διασπείρονται από τον αέρα.

Δεδομένου των ταχέως εξελισσόμενων πεδίων της μυκητιακής γενετικής και γονιδιωματικής, και γενικότερα της μυκητολογίας, χρειαζόμασταν όλο και περισσότερο μια σύνοψη για να οργανώσουμε αυτές τις πληροφορίες και να χρησιμεύσουν ως αναφορά για να καθοδηγήσουμε τόσο τις δικές μας προσπάθειες όσο και εκείνες άλλων των οποίων η έρευνα επικεντρώνεται ή έρχεται σε επαφή με μύκητες. Συγκεντρώσαμε μια ομάδα έξι συντακτών με συμπληρωματικά και διαφορετικά ενδιαφέροντα και επιστρατεύσαμε μια ομάδα 170 ειδικών στον τομέα, οι οποίοι ως συγγραφείς έχουν συνεισφέρει στα 54 κεφάλαια που περιλαμβάνονται στο “The Fungal Kingdom”. Οργανώσαμε το βιβλίο σε εννέα διαφορετικές ενότητες για να παρουσιάσουμε το σχετικό υλικό μαζί και να παρέχουμε ένα πλαίσιο οργάνωσης. Κάθε κεφάλαιο έχει σχεδιαστεί για να είναι αυτοτελές, έτσι ώστε κάθε αναγνώστης να μπορεί να επιλέξει να διαβάσει οποιοδήποτε δεδομένο κεφάλαιο μεμονωμένα ή μια σειρά σχετικών κεφαλαίων από μια ενότητα. Ταυτόχρονα, το βιβλίο έχει ένα συνεκτικό θέμα εστίασης στην ποικιλομορφία, τη σημασία, τις επιπτώσεις, τους κινδύνους και την ομορφιά των μυκήτων και επομένως θα μπορούσε να διαβαστεί ως ένα συνεχές κείμενο. Καθώς οι τρόποι δημοσίευσης έχουν προχωρήσει, αυτό το βιβλίο είναι επίσης ένα πείραμα, καθώς διατίθεται ως έντυπος τόμος, ως ηλεκτρονικό βιβλίο και ως μεμονωμένα κεφάλαια διαθέσιμα ηλεκτρονικά ή στη δημοσιευμένη τους μορφή ως μέρος του περιοδικού Microbiology Spectrum από τις ASM Press.

Ελπίζουμε, και είναι στόχος και πρόθεση μας, αυτό το βιβλίο να κάνει έναν απολογισμό της τρέχουσας κατάστασης της γνώσης στο πεδίο και επίσης να ενθαρρύνει περαιτέρω έρευνες σε θέματα ενδιαφέροντος που προκύπτουν από τις πληροφορίες που περιέχονται εδώ. Σε προσκαλούμε να μελετήσεις την τρέχουσα κατάσταση της γνώσης εδώ και ελπίζουμε αυτές οι σκέψεις να σε ωθήσουν να συμμετάσχεις μαζί μας στην περαιτέρω πρόοδο του τομέα. Σε προσκαλούμε επίσης να μας κοινοποιήσεις τις εμπειρίες σου από το βιβλίο. Ελπίζουμε θερμά ότι η πρόοδος τις επόμενες δεκαετίες θα καταστήσει τελικά αυτό το βιβλίο ξεπερασμένο, και επομένως θα χρειάζεται αναθεώρηση ή αντικατάσταση, καθώς προχωρά ο τομέας.

Κλείνοντας, θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε τα πολυάριθμα άτομα που συνέβαλαν στην προώθηση της κατανόησης μας για το Βασίλειο των Μυκήτων και, κατ’ επέκταση, στην τόνωση και την υλοποίηση αυτού του κειμένου. Θέλουμε να αφιερώσουμε αυτή την προσπάθεια στους επιστήμονες μέντορες που μας εκπαίδευσαν και μας ενέπνευσαν, καθώς και στους σημαντικούς μας άλλους, τα παιδιά και τις οικογένειές μας, χωρίς την ανοχή των οποίων αυτή η προσπάθεια δεν θα ήταν δυνατή. Τέλος, ευχαριστούμε τους ακούραστους συντάκτες μας στις εκδόσεις ASM, Greg Payne, Lauren Luethy και Ellie Tupper, που με τη διοικητική βοήθεια της Melissa Palmer κατέστησαν δυνατό αυτό το κείμενο μέσα από τις ακούραστες και ενθουσιώδεις προσπάθειες τους.

Joseph Heitman

Barbara J. Howlett

Pedro W. Crous

Eva H. Stukenbrock

Timothy Y. James

Neil A. R. Gow

Περιεχόμενα

Ενότητα Ι. Διακλαδώσεις μυκήτων στο ευκαρυωτικό δέντρο της ζωής

• 1. Το δέντρο της ζωής των μυκήτων: Από τη μοριακή συστηματική στις φυλογονίες κλίμακας γονιδιώματος, Joseph W. Spatafora, M. Catherine Aime, Igor V. Grigoriev, Francis Martin, Jason E. Stajich and Meredith Blackwell
• 2. Έξι βασικά χαρακτηριστικά των μυκήτων: Η εξελικτική προέλευση και οι γενετικές βάσεις, Laszlo G. Nagy, Renata Toth, Eniko Kiss, Jason Slot, Attila Gacser and Gabor M. Kovacs
• 3. Τι ορίζει τους μύκητες του “Βασιλείου”;, Thomas A. Richards, Guy Leonard and Jeremy G. Wideman
• 4. Επανεξέταση της ποικιλότητας των μυκήτων: 2,2 έως 3,8 εκατομμύρια είδη, David L. Hawksworth and Robert Lücking
• 5. Μικροσπορίδια: Υποχρεωτικά ενδοκυτταρικά παθογόνα στο βασίλειο των μυκήτων, Bing Han and Louis M. Weiss

Ενότητα II. Η ζωή των μυκήτων

• 6. Φύλο μυκήτων: Τα Ascomycota, Richard J. Bennett and B. Gillian Turgeon
• 7. Φύλο μυκήτων: Τα Basidiomycota, Marco A. Coelho, Guus Bakkeren, Sheng Sun, Michael E. Hood and Tatiana Giraud
• 8. Φύλο μυκήτων: Τα Mucoromycota, Soo Chan Lee and Alexander Idnurm
• 9. Αναπαραγωγή και ο ατελής μύκητας, Paul S. Dyer and Ulrich Kück
• 10. Μοριακοί μηχανισμοί που ρυθμίζουν τη σύντηξη και το σχηματισμό ετεροκαρυόνων σε νηματώδεις μύκητες, Asen Daskalov, Jens Heller, Stephanie Herzog, Andre Fleißner and N. Louise Glass
• 11. Κυτταρική βιολογία της ανάπτυξης των υφών, Gero Steinberg, Miguel A. Penalva, Meritxell Riquelme, Han A. Wosten and Steven D. Harris
• 12. Το κυτταρικό τοίχωμα των μυκήτων: Δομή, βιοσύνθεση και λειτουργία, Neil A. R. Gow, Jean-Paul Latge and Carol A. Munro
• 13. Οικολογία των μυκήτων: Αρχές και μηχανισμοί αποικισμού και ανταγωνισμού από τα Saprotrophic Fungi, Lynne Boddy and Jennifer Hiscox
• 14. Διασπορά μυκήτων σε μεγάλες αποστάσεις, Jacob J. Golan and Anne Pringle
• 15. Το μυκήλιο ως ένα δίκτυο, Mark D. Fricker, Luke L. M. Heaton, Nick S. Jones and Lynne Boddy

Ενότητα III. Οικολογία μυκήτων

• 16. Η γεωμυκολογία του στοιχειώδους κύκλου και μετασχηματισμοί στο περιβάλλον, Geoffrey Michael Gadd
• 17. Οικολογία φυτικών παθογόνων των μυκήτων, Aad J. Termorshuizen
• 18. Βασικοί οικολογικοί ρόλοι για ζωοσπορικούς αληθινούς μύκητες σε υδρόβιους βιότοπους, Frank H. Gleason, Bettina Scholz, Thomas G. Jephcott, Floris F. van Ogtrop, Linda Henderson, Osu Lilje, Sandra Kittelmann and Deborah J. Macarthur

Ενότητα IV. Πώς αντιλαμβάνονται οι μύκητες το περιβάλλον τους

• 19. Ανίχνευση θρεπτικών ουσιών στην πλασματική μεμβράνη κυττάρων των μυκήτων, Patrick van Dijck, Neil Andrew Brown, Gustavo H. Goldman, Julian Rutherford, Chaoyang Xue and Griet van Zeebroeck
• 20. Η πολυπλοκότητα του οράματος των μυκήτων, Reinhard Fischer, Jesus Aguirre, Alfredo Herrera-Estrella and Luis M. Corrochano
• 21. Προσαρμογή στο στρες, Alistair J. P. Brown, Leah E. Cowen, Antonio Di Pietro and Janet Quinn
• 22. Αποκρίσεις thigmo: Η αίσθηση αφής των μυκήτων, Mariana Cruz Almeida and Alexandra C. Brand
• 23. Μελανίνη, ακτινοβολία και μεταφορά ενέργειας στους μύκητες, Arturo Casadevall, Radames J. B. Cordero, Ruth Bryan, Joshua Nosanchuk and Ekaterina Dadachova
• 24. Δημιουργία χρόνου: Διατήρηση βιολογικών ρολογιών από μύκητες στα ζώα, Jay C. Dunlap and Jennifer J. Loros
• 25. Ο στόχος της ραπαμυκίνης (TOR) ρυθμίζει την ανάπτυξη σε απόκριση σε διατροφικά σήματα, Ronit Weisman

Ενότητα V. Γενετική και γονιδιωματική μυκήτων ως μοντέλα για τη βιολογία

• 26. Κυτταρικός κύκλος των μυκήτων: Σύγκριση μονοκύτταρων έναντι πολυκύτταρων, Ilkay Dörter and Michelle Momany
• 27. Θέμα κλίμακας και διαστάσεων: Χρωματίνη χρωμοσωμάτων ορόσημα στους μύκητες, Allyson A. Erlendson, Steven Friedman and Michael Freitag
• 28. Παραλλαγή πλοειδών στους μύκητες: Πολυπλοειδία, ανευπλοειδία και εξέλιξη γονιδιώματος, Robert T. Todd, Anja Forche and Anna Selmecki
• 29. Γονιδιώματα μυκήτων και γνώσεις για την εξέλιξη του Βασιλείου, Jason E. Stajich
• 30. Πηγές μυκητιακής γενετικής παραλλαγής και συσχετισμός της με φαινοτυπική ποικιλομορφία, John W. Taylor, Sara Branco, Cheng Gao, Chris Hann-Soden, Liliam Montoya, Iman Sylvain and Pierre Gladieux
• 31. Παρεμβολή RNA στους μύκητες: Κατακράτηση και απώλεια, Francisco E. Nicolas and Victoriano Garre
• 32. Αμυλοειδή prions στους Μύκητες, Sven J. Saupe, Daniel F. Jarosz, and Heather L. True
• 33. Σημειακή μετάλλαξη που προκαλείται από επανάληψη και άλλοι αμυντικοί μηχανισμοί γονιδιώματος σε μύκητες, Eugene Gladyshev

Ενότητα VI. Αλληλεπιδράσεις μυκήτων με φυτά: Επίδραση στη γεωργία και τη βιόσφαιρα

• 34. Φυτικοί παθογόνοι μύκητες, Gunther Doehlemann, Bilal Okmen, Wenjun Zhu and Amir Sharon
• 35. Η αμοιβαία αλληλεπίδραση μεταξύ φυτών και αρβοειδών μυκόρριζων μυκήτων, Luisa Lanfranco, Paola Bonfante, and Andrea Genre
• 36. Οι λειχηνοποιημένοι μύκητες και η εξέλιξη της συμβιωτικής οργάνωσης, Martin Grube and Mats Wedin
• 37. Παθογένεση φυτών από μύκητες με τη μεσολάβηση τελεστών, Pierre J.G.M. de Wit, Alison C. Testa and Richard P. Oliver
• 38. Αναδυόμενες απειλές μυκήτων για τα φυτά και τα ζώα που προκαλούν τη γεωργία και την ανθεκτικότητα του οικοσυστήματος, Helen N. Fones, Matthew C. Fisher and Sarah J. Gurr

Ενότητα VII. Οι μύκητες και ο ανθρώπινος ξενιστής

• 39. Μύκητες που μολύνουν ανθρώπους, Julia R. Köhler, Bernhard Hube, Rosana Puccia, Arturo Casadevall and John R. Perfect
• 40. Το μυκοβίωμα: Αντίκτυπος στην υγεία και σε καταστάσεις με ασθένειες, Najla El-Jurdi and Mahmoud Ghannoum
• 41. Οι μύκητες του δέρματος από τον αποικισμό έως τη μόλυνση, Sybren de Hoog, Michel Monod, Tom Dawson, Teun Boekhout, Peter Mayser and Yvonne Gräser
• 42. Βιοφίλμ μυκήτων: Μέσα-έξω, Katherine Lagree and Aaron P. Mitchell
• 43. Μηχανισμοί αναγνώρισης μυκήτων και άμυνας ξενιστή, I. M. Dambuza, S. M. Levitz, M. G. Netea, and G. D. Brown
• 44. Αντιμυκητιασικά φάρμακα: Το σημερινό οπλοστάσιο και η ανάπτυξη νέων παραγόντων, Nicole Robbins, Gerard D. Wright, and Leah E. Cowen

Ενότητα VIII. Αλληλεπιδράσεις μυκήτων με ζώα (μύκητες, έντομα και νηματώδεις) και άλλα μικρόβια

• 45. Τα παθογόνα των εντόμων, Brian Lovett and Raymond J. St. Leger
• 46. Φτιαγμένα ο ένας για τον άλλον: Ascomycete ζύμες και έντομα, Meredith Blackwell
• 47. Μύκητες παγίδευσης νηματωδών, Xiangzhi Jiang, Meichun Xiang and Xingzhong Liu
• 48. Αλληλεπιδράσεις ξενιστή-μικροσποριδίων στο Caenorhabiditis elegans, μοντέλο νηματώδη οικοδεσπότη, Emily R. Troemel
• 49. Βακτηριακά ενδοσυμβίωση: Κύριοι διαμορφωτές μυκητιασικών φαινοτύπων, Sarah J. Araldi-Brondolo, Joseph Spraker, Justin P. Shaffer, Emma H. Woytenko, David A. Baltrus, Rachel E. Gallery and A. Elizabeth Arnold
• 50. Νεκροτροφικά μυκοπαράσιτα και τα γονιδιώματα τους, Magnus Karlsson, Lea Atanasova, Dan Funck Jensen and Susanne Zeilinger

Ενότητα IX. Μύκητες: Τεχνολογία και φυσικά προϊόντα

• 51. Μυκητιακά ένζυμα και ζυμομύκητες για τη μετατροπή της φυτικής βιομάζας σε προϊόντα βιοενέργειας και υψηλής αξίας, Lene Lange
• 52. Μυκητιακά λιγνινολυτικά ένζυμα και οι εφαρμογές τους, Miia R. Makela, Erin L. Bredeweg, Jon K. Magnuson, Scott E. Baker, Ronald P. de Vries and Kristiina Hilden
• 53. Οι μύκητες ως πηγή τροφής, Joëlle Dupont, Sylvie Dequin, Tatiana Giraud, François Le Tacon, Souhir Marsit, Jeanne Ropars, Franck Richard and Marc-André Selosse
• 54. Βιολογικά ενεργοί δευτερογενείς μεταβολίτες από τους μύκητες, Gerald F. Bills and James B. Gloer

(το βιβλίο σε μορφή αρχείου PDF)